يهدف قطاع المراكز الجمركية إلى ضمان جاهزية هذه المراكز الجمركية من الناحية الإدارية واللوجستية والكوادر البشرية، وضمان كفاءة موظفي العمليات الجمركية فيها لتحقيق الأمن والدقة في تحصيل الرسوم الجمركية، كما تدعم تيسير حركة التجارة المشروعة، والتعاون مع الشركاء لتقديم خدمات مميزة للمتعاملين حسب القوانين واللوائح المعمول بها.
وينقسم قطاع إدارة المراكز الجمركية إلى إدارتين:
1) إدارة المراكز الجمركية الجوية و البحرية، ويندرج تحتها كلاً من المراكز التالية:
• جمرك مطار رأس الخيمة الدولي.
• جمرك البريد.
• جمرك ميناء صقر.
• جمرك ميناء رأس الخيمة.
• جمرك ميناء الجزيرة الحمراء.
• جمرك ميناء الجير.
2) إدارة المراكز الجمركية البرية و المناطق الحرة، ويندرج تحتها كلاً من المراكز التالية:
• جمرك المنطقة الحرة بالغيل.
• جمرك المناطق الحرة الجنوبية.
• جمرك المناطق الحرة الشمالية.
• جمرك الدارة.
• جمرك أسود
